桑格测序
基因组学核心实验室使用三个ABI毛细管测序仪进行Sanger测序:一个96毛细管3730XL,一个48毛细管3730和一个16毛细管3130XL测序仪。该设施接受模板/完成的反应在单管,管带或微量滴定板。根据推荐的协议准备模板,我们通常获得800 bp到1千碱基范围内的读取长度。
提供以下桑格测序服务:
- 测序“流水”。
- 测序反应清理和测序。
- 测序反应准备、清理和测序。
Sanger排序定价
服务名称、说明、价格、备注(注:非英国客户支付价目表价格加10%):
RES SANGER测序TIER 1.1,测序仅,1-16个样品,$3.40,每个样品
RES SANGER测序TIER 1.2,仅测序,17-96个样品,$50.00,单价/盘
RES SANGER SEQUENCIN TIER 2.1,反应清理和测序,1-16个样品,4.22美元,每个样品
RES SANGER SEQUENCIN TIER 2.3,反应清理和测序,17-96个样品,55.00美元,单价/盘/每个反应
RES SANGER SEQUENCIN TIER 3.1,测序反应设置,清理和测序,1-20个样品,9.94美元,每个样品
RES SANGER测序TIER 3.3,测序反应设置,清理和测序,21-60个样品,162.83美元,所有单元的统一价格
RES SANGER SEQUENCING TIER 3.4,测序反应设置,清理和测序,61-94个样品,$195.00,单价/盘/每个反应
RES SANGER测序TIER 3.5,与TIER 3.3相同+额外引物,162.83美元,另加6美元/引物
RES SANGER测序TIER 3.6,与TIER 3.4相同+额外底漆,195美元,另加6美元/底漆
RES附加引物,每个附加引物用于测序,$6.00,每个引物
RES PCR纯化,单个样品的PCR产物纯化(清除):磁珠,1.59美元,每个样品
RES酶促PCR纯化,PCR产物纯化:酶促清除,3.31美元,每个样品
RES PCR纯化孔板,孔板PCR清洗:磁珠,$149.46,每板
RES外部客户收费10%,非英国客户支付目录价格加10%。,变化,每笔交易
提交桑格测序DNA模板
样本数量:
- 小于21:可在微移管中提交。管应清楚地标明首字母和样品编号(如。AB1, AB2, AB3等)。
- 超过21个样品:必须在96孔板中提交。A01和B01井应该是空的。板应按列装,即先填C01至H01,再填A02至H02,再填A03至H03,等等。
DNA模板:模板应溶解在缺乏EDTA的洗脱缓冲液中。或者,可以使用含有0.1 mM EDTA的改良TE缓冲器。
- 质粒DNA:应以20-200 ng/µl的浓度供应。每个测序反应通常使用20 - 100 ng。
- PCR产物:应以4- 20ng /µl的浓度供应。通常每个测序反应使用10 50ng。PCR产物必须在循环测序前进行纯化,以去除多余的引物和酶。这项服务可以由UKHC基因组学核心实验室提供。
- Cosmids和Fosmids:应以200 ng/µl的最低浓度供应。每个测序反应需要1µg fosmid/cosmid模板。
引物
- UKHC基因组学中心拥有大量的标准引物(见引物列表)。如果需要模板专用引物,则应提供5-10 μ M浓度的引物。
- 注:UKHC基因组中心在每个测序反应中使用3.2 pmol引物。
完成的测序反应
- 如果客户已经进行了测序反应,并且仅供RUN使用,最好将样品作为干颗粒提交(如果已使用乙醇沉淀来清理测序反应)。
- 如果已经执行了另一种清理方法,我们可以将Hi-Di甲酰胺添加到最终浓度的25%。
序列反应清除
乙醇/EDTA沉淀(10µl反应体积)
- 从热循环器中取出96孔ABI板,并以1000转/分的速度脉冲旋转。
- 在每个孔中加入2.5 μ l 125 mM EDTA。
- 在每个孔中加入30ul 100%乙醇。
- 用板封密封严密;通过逆4X进行混合。
- 室温下孵育15分钟
- 离心4000rpm (3000rcf) 15分钟,4°。
- 立即*倒出乙醇上清,快速反转并轻轻摇晃。
- 在每个孔中加入30 μ l 70%的乙醇,以3000 rpm (1690 rcf)在4°下离心15分钟。
- 立即*倒掉上清液,倒置在三折纸巾上。
- 放入离心机(倒放在纸巾上),脉冲旋转至200转/分以去除多余的乙醇。(转速为150rpm时停止旋转,因为脉冲停止后机器将继续短暂加速-不要允许转速超过500rpm。)
- 样品板(右侧朝上)在遮光罩下在黑暗中干燥1小时。
*否则再旋转2分钟。
如果您不能立即将样品送到UKHC基因组中心或投递箱,请将样品密封并在-20°下作为干颗粒储存