癌症研究信息共享资源设施(CRI SRF)
导演:Eric B. Durbin, DrPH, MS
副主任:Isaac Hands，公共卫生硕士
使命宣言
癌症研究信息学共享资源设施(CRI)的使命是促进马基癌症中心(MCC)成员之间的合作研究，通过应用信息学方法和安全的计算资源，优化数据、信息和知识的可访问性和可用性。
CRI的具体目标是:
- 为研究资助的研究开发和支持创新技术，以促进准确、及时和安全的数据获取和传播。
- 利用监测流行病学和最终结果(SEER)肯塔基州癌症登记处(KCR)的全州电子数据资源，促进肯塔基州阿巴拉契亚地区人口的MCC研究。
- 确保信息系统的互操作性符合不断发展的数据标准。
- 维护和支持一个全面的以患者为中心的数据仓库，为MCC研究人员提供独特的机会，利用从分子生物标志物到阿巴拉契亚患者群体的综合数据集。
- 与英国生物医学信息学部门合作，为MCC研究中出现的独特信息学挑战提供新颖和最先进的解决方案。
基本原理
马基癌症中心(MCC)癌症研究信息学共享资源设施(CRI)通过信息学技术和方法的最佳应用，最大限度地提高数据、信息和知识的可访问性和可用性，促进MCC成员之间的合作研究。CRI的主要目标是为癌症中心成员提供全面和集中的数据采集和信息支持。
联系人:发送电子邮件至CRI SRFcrisrf@uky.edu．
服务
- 策划，协调，整合，并提供临床和分子数据的科学发现。
- 为药物发现提供创新的高通量计算方法。
- 支持AI方法(深度学习和自然语言处理)用于社交媒体、临床和分子数据挖掘。
优先级
- 1级:与CRI人员资助的同行评审研究人员合作。
- 第2级:为CRI人员准备同行评审的拨款申请。
- 第三级:癌症中心成员的癌症中心试点/可行性项目。
- 第4级:开发其他非同行评议研究，要求CRI人员资助。
- 5级:其他需要免费提供有限信息支持的无资助研究项目。
请求服务
CRI SRF使用iLab解决方案来管理服务请求和项目跟踪。要开始使用CRI SRF服务，请单击下面的链接，它将带您进入一个登陆页面，其中有更详细的说明，包括一次性帐户设置。一旦您的帐户建立，iLab将使您能够提出CRI SRF服务请求，提供所需的批准，并监控您的项目进度。
信息资源
请访问以下链接以获取公共软件和其他信息。
- 癌症研究数据共享/生物门户
- 马基癌症中心的癌症研究信息共享资源设施(CRI)开发了一个cBioPortal实例，允许研究人员快速查看来自SEER肯塔基州癌症注册中心和其他来源的临床和结果数据的基金会医学报告。
- 需要有登录帐号访问门户。请填写REDCap表格(https://redcap.uky.edu/redcap/surveys/?s=AL8THNDHA3)，申请使用这项网上服务。
- CRI公共软件项目
- 癌症站点的新鲜冷冻生物标本清单
- 肯塔基州癌症登记处
- Oncore -临床试验管理系统登录
- LabKey -研究数据系统登录
- 英国IT研究支持和推广
- Markey共享资源设施
确认
马基癌症中心共享资源主要由国家癌症研究所的癌症中心支持赠款(CCSG)支持(P30CA177558)。额外的支持可以从其他来源提供，如退款制度、机构资金和/或其他赠款。CCSG的支持使我们的共享资源设施能够为癌症中心成员提供福利，例如确保获得服务或补贴用户费率。
请在您的研究论文、出版物和拨款申请中使用以下声明确认马基癌症中心共享资源。(注:请与Markey共享资源主管协商，同时考虑包括来自共享资源的个人的姓名，如果他们提供了任何智力投入或额外的努力。)
- 本研究得到了肯塔基大学马基癌症中心癌症研究信息共享资源设施(P30CA177558)的支持。beplay全站官网登录入口
教职员及职员
导演
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Eric B. Durbin, DrPH, MS |
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艾萨克·汉兹MPH |
教师和管理人员
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Sally Ellingson博士 |
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珍妮·格雷戈里女士 |
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约瑟夫·赫特-穆勒，工商管理硕士 |
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Jong Cheol (JC) Jeong，博士 |
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Ramakanth Kavuluru博士 |
工作人员
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Carlee伯顿 |
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Chaney Blu |
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粘土坎贝尔 |
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罗杰·崔 |
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戴维斯•勃朗特 |
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约克·多宾斯博士 |
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Amir Elbiheary, MBBS |
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詹森·雅各布，MS |
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贾斯汀这 |
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斯考特·马丁利，罗德岛建筑师 |
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烹调的菜肴范教授 |
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Peter Ransdell, MS |
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大卫·鲁斯特，MS |
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乔尔·惠勒 |
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约翰·威廉姆斯，马萨诸塞州 |
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丽莎维特，CTR |
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Trevino森林 |
位置
癌症研究信息共享资源设施(CRI SRF)
哈罗兹堡路2365号，A230套房
beplay苹果下载网址列克星敦KY 40504-3381
新闻
在下面的标题中阅读有关癌症研究信息共享资源设施的信息。
2018
- 的肯塔基州癌症登记处(九广铁路公司)已从国家癌症研究所(NCI)继续参与NCI的监测流行病学和最终结果(SEER)计划。肯塔基州癌症登记处从NCI获得数百万美元的合同．2018年6月22日
- 马基癌症中心在5月举行了第九届年度马基癌症中心研究日，重点介绍了英国学生、博士后和教职员工过去一年的工作，包括我们自己的Sally Ellingson博士。学生，博士后和教师在马基研究日展示最新发现．2018年5月11日
- 萨丽·艾林森从小就擅长艺术和数学，后来在计算机药物研发领域建立了稳固的职业生涯。了解更多关于艾灵森博士和她找到马基的途径UKnow是“我们研究背后的人”系列的最新作品．2018年2月26日
- CRI数据管理团队负责人Jennifer Land和她的家人指挥着总部位于列克星敦的501军团蓝太阳小队，他们在马基的最后一天为5岁的儿童脑癌beplay苹果下载网址患者实现了《星球大战》。观看视频并阅读更多内容。2018年1月30日
2017
- CRI主任Eric Durbin评论道国家癌症研究所博客文章最近一项关于美国各地癌症死亡率差异的研究，2017年2月21日
2016
- 肯塔基州癌症登记处利用数据的力量对抗疾病，2016年9月27日
- 数据完整性在癌症登记处的前沿- CRI主任Eric Durbin在接受《For the Record》采访时谈到了癌症登记数据完整性的重要性。2016年3月
2015
- Markey推出癌症临床试验应用程序肯塔基大学马beplay全站官网登录入口基癌症中心最近推出了一款新的iPhone应用程序，该应用程序具有马基癌症中心开放临床试验的可搜索数据库，2015年4月27日
2014
- Markey研究人员开发基于web的应用程序来预测胶质瘤突变肯塔基大学马基癌症中心的研究人员开发的一种新的基于网络的程序将为医疗保健提供者beplay全站官网登录入口提供一种简单、免费的方式，以确定哪些脑肿瘤病例需要进行基因突变检测，2014年8月19日
- 马基季刊，2014年第2期-介绍Sally Ellingson博士，《多药理学和基于超级计算机的对接:机遇与挑战》的主要作者。
- 发现Polypharmacology-超级计算可能彻底改变药物研发，2014年6月9日
- 肺癌患者可能受益于创新信息学项目肯塔基大学的一个由医生、研究人员和信息学家组成的多学科团队正在努力改善肺癌患者的识别，这些患者有资格参加新疗法的临床试验。beplay全站官网登录入口2014年5月30日
- 年度马基研究日展示癌症研究- CRI教员Sally Ellingson，在2014年马基研究日上获得临床和转化海报一等奖，2014年5月23日
2013
- 实时获取癌症数据肯塔基州的一个项目正在为更广泛地向州登记处电子报告癌症病例奠定基础，2013年6月4日
2012
- 英国在美国首创同类癌症报告模式-国际癌症研究所的工作人员积极参与制订门诊癌症报告的标准和方法。他们的努力使KCR成为美国第一个使用有意义使用第二阶段指定的方法接收标准化数据的注册机构，2012年11月30日
- 研究生和博士后研究在马基研究日突出2012年马基研究日，CRI主任埃里克·德宾获得海报二等奖，2012年5月24日
- 马基研究日专题介绍主要癌症研究人员在2012年的Markey研究日上，CRI主任Eric Durbin被选中展示他的自然语言处理研究。2012年5月15日
出版物
利用CRI合作、数据源和服务的Markey出版物:
2019
- He C, Plattner R, Rangnekar V, Zhou BH, Liu C, Stewart RL, Huang B, Wang C, Tucker TC。乳腺癌复发的潜在蛋白质标志物:一项回顾性队列研究。癌症病因控制30:41-51,2019。
- Christian WJ, Vanderford NL, McDowell J, Huang B, Durbin EB, Absher KJ, Walker CJ, Arnold SM。肯塔基州1995-2014年肺癌组织学类型的时空分析癌症控制26:10 3274819845873,2019。PMCID: PMC6482657
- Liu J, Murali T, Yu T, Liu C, Sivakumaran TA, Moseley HNB, Zhulin IB, Weiss HL, Durbin EB, Ellingson SR, Liu J, Huang B, Hallahan BJ, Horbinski CM, Hodges K, Napier DL, Bocklage T, Mueller J, Vanderford NL, Fardo DW, Wang C, Arnold SM。肯塔基州阿巴拉契亚地区鳞状细胞肺癌的特征。癌症流行病学生物标志物，2019年第28期。PMCID: PMC6363884
- Islamaj Dogan R, Kim S, Chatr-Aryamontri A, Wei CH, Comeau DC, Antunes R, Matos S, Chen Q, Elangovan A, Panyam NC, Verspoor K, Liu H, Wang Y, Liu Z, Altinel B, Husunbeyi ZM, Ozgur A, Fergadis A, Wang CK, Dai HJ, Tran T, Kavuluru R, Luo L, Steppi A, Zhang J, Qu J, Lu Z. BioCreative VI精准医学Track综述:挖掘蛋白质相互作用和突变用于精准医学。数据库(牛津)2019:2019。PMCID: PMC6348314
- 伊克斯M，赫斯特JW，维金斯AT，雷恩斯MK，哈恩EJ, Kavuluru R.大学生使用Juul的患病率和原因。J Am Coll健康1-5,2019。
- Gan T, Sinner HF, Walling SC, Chen Q, Huang B, Tucker TC, Patel JA, Evers BM, Bhakta AS。平价医疗法案对肯塔基州结直肠癌筛查、发病率和生存率的影响J Am Coll外科杂志228:342-353 e341, 2019。
- Gallaway MS, Huang B, Chen Q, Tucker TC, McDowell JK, Durbin EB, Stewart SL, Tai E.烟草和非烟草相关癌症患者的吸烟和戒烟。中华卫生杂志，2019,44:552-560。PMCID: PMC6504566
- Gallaway MS, Huang B, Chen Q, Tucker TC, McDowell J, Durbin EB, Siegel D, Tai E.使用肯塔基州癌症登记处和健康声明数据之间的数据链接识别吸烟状态和戒烟。JCO临床癌症通报3:1- 8,2019。PMCID: PMC6549228
- 高拉特BHL, Silgard ET, Baik CS, Bansal A, Sun QP, Durbin, E. B, Hands I, Shah D, Arnold SM, Ramsey SD, Kavuluru R, Schwartz SM。自然语言处理在确定SEER IV期非小细胞肺癌病例中EGFR和ALK检测结果的有效性JCO临床癌症通报3:1- 15,2019。
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- 韩春霞，韩春霞。关于u盘形状的电子烟Juul的流行。Tob Control 2018。PMCID: PMC6186192
- Hahn EJ, Rayens MK, Wiggins AT, Gan W, Brown HM, Mullett TW。肯塔基州利用数据存储库来应对其异常的癌症负担。《肿瘤学live》2019年第2期，第20卷。
- 王志刚，王志刚，王志刚。多构象集成对接困难的蛋白质靶点。化学与物理学报(英文版)，2015。
- Evangelista W, Weir RL, Ellingson SR, Harris JB, Kapoor K, Smith JC, Baudry J.基于集成的对接:从撞击发现到代谢和毒性预测。生物医学杂志(Bioorg)， 2016, 24:4928-4935。PMCID: PMC5073379
- Ellingson SR, Fardo DW。全基因组关联研究的自动化质量控制。F1000Res:1889, 2016。PMCID: PMC5007749
- Harris DR, Kavuluru R, Jaromczyk JW, Johnson TR. DELVE快速和可重复使用的文本可视化和探索开发。2017年美国医学与科学峰会(英文版):139-148,2017。PMCID: PMC5543346
- 黄斌，李志强，李志强。肺癌患者中多种原发癌症的发展:肯塔基州阿巴拉契亚地区与非阿巴拉契亚地区人群。中国医学杂志，2017。
- Rios A, Kavuluru R.序数卷积神经网络预测RDoC阳性效价精神症状严重程度评分。中国生物医学杂志，2017。PMCID: PMC5682241
- Tran T, Kavuluru R.利用深度神经网络根据精神病学记录中的“当前病史”预测精神状况。中国生物医学杂志，2017。PMCID: PMC5705423
- 费根J，艾登斯KS，多莉J，范德福德NL，韦斯H，列文JS。通过合作作者网络分析评估研究合作。J Res Adm 49:76-99, 2018。PMCID: PMC6703830
- Hallowell BD, Saraiya M, Thompson TD, Unger ER, Lynch CF, Tucker T, Copeland G, Hernandez BY, Peters ES, Wilkinson E, Goodman MT.基于人群的HPV基因型特异性宫颈癌生存率评估:CDC癌症登记处Sentinel监测系统。JNCI癌症谱2:2018。PMCID: PMC6309887
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- Jones D, Bopaiah J, Alghamedy F, Jacobs N, Weiss HL, de Jong WA, Ellingson SR.全kinome内的多药理学:机器学习方法。AMIA世界科学峰会2017:98-107,2018。PMCID: PMC5961802
- Rios A, Durbin EB, Hands I, Arnold SM, Shah D, Schwartz SM, Goulart BHL, Kavuluru R.跨登记处神经域适应从病理报告中提取突变检测结果。《生物医学通报》97:103267,2019。PMCID: PMC6736690
- Tucker TC, Durbin EB, McDowell JK, Huang BCP。释放基于人群的癌症登记的潜力。2019年癌症。
- 李志刚，李志刚，李志刚，李志刚。晚期癌症患者的药物基因组学研究进展。美国健康系统制药76:415-423,2019。
- 李志强，李志强，李志强。基于神经迁移学习的emr诊断方法研究。阿提夫医学96:116-122,2019。
2018
- Hahn EJ, Rayens MK, Wiggins AT, Gan W, Brown HM, Mullett TW。肺癌发病率和城市禁烟条例的力度。巨蟹座124:374-380,2018。
- Herbst RS, Redman MW, Kim ES, Semrad TJ, Bazhenova L, Masters G, Oettel K, Guaglianone P, Reynolds C, Karnad A, Arnold SM, Varella-Garcia M, Moon J, Mack PC, Blanke CD, Hirsch FR, Kelly K, Gandara DR.晚期NSCLC中西tuximab加卡铂和紫杉醇加或不加贝伐单抗与卡铂和紫杉醇加或不加贝伐单抗(SWOG S0819):一项随机的3期研究。《柳叶刀》19:101-114,2018。PMCID: PMC5847342。
- Pavel M, Gross DJ, Benavent M, Perros P, Srirajaskanthan R, Warner RRP, Kulke MH, Anthony LB, Kunz PL, Horsch D, Weickert MO, Lapuerta P, Jiang W, Kassler-Taub K, Wason S, Fleming R, Fleming D,Garcia-Carbonero R. Telotristat乙基治疗类癌综合征:TELECAST 3期试验的安全性和有效性。癌症杂志25:39 -322,2018。PMCID: PMC5811631。
- Ajkay N, Bhutiani N, Huang B, Chen Q, Howard JD, Tucker TC, Scoggins CR, McMasters KM, Polk HC, Jr.肯塔基州医疗补助扩大和乳腺癌护理质量的早期影响。美国内科外科杂志2226:498-504,2018。
- Ore RM, Chen Q, DeSimone CP, Miller RW, Baldwin LA, van Nagell JR, Huang B, Tucker TC, Johnson MS, Fredericks TI, Ueland FR-DT。阿巴拉契亚中部和肯塔基州卵巢癌治疗中患者年龄和其他差异的基于人群的分析。南方医学杂志，2018年第1期。
Kelly KR, Friedberg JW, Park SI, McDonagh K, Hayslip J, Persky D, Ruan J, Puvvada S, Rosen P, Iyer SP, Stefanovic A, Bernstein SH, Weitman S, Karnad A, Monohan G-DT, VanderWalde A, Mena R, Schmelz M, Spier C, Groshen S, Venkatakrishnan K, Zhou X, shelton - waniga E, Leonard EJ, Mahadevan D.复发/难治性侵袭性b细胞淋巴瘤的研究性Aurora激酶抑制剂Alisertib联合利妥昔单抗或利妥昔单抗/长春新碱的一期研究。临床癌症杂志，2018,24:6150-59。
Paskett ED, Baltic RD, Young GS, Katz ML, Lesko SM, Webber KH, Roberto KA, Lengerich EJ, Schoenberg NE-CP, Kennedy SK, Mama S, Midkiff CC,Dignan MB-CP。在阿巴拉契亚教会成员中减少肥胖的一组随机试验:信仰行走研究。癌症流行病学生物标志物，2018年27:1289-97。PMCID: PMC6214791。
Peterson SL, Husnain M, Pollack T, Pimentel A, Loaiza-Bonilla A, Westendorf-Overley C, Ratermann K, Anthony L-DT, Desimone P, Goel G, Kudrimoti M- dt, Dineen S, Tzeng CD,Hosein PJ。对不适合FOLFIRINOX的边缘可切除或局部晚期不可切除的胰腺腺癌患者进行新辅助nab-紫杉醇和吉西他滨治疗。抗癌决议38:4035-39,2018。
韦哲M，马昌LR，罗伯茨LJ，迟美平。晚期癌症患者的痛苦:叙述干预的随机对照试验。21:200-07, 2018。PMCID: PMC5797325。
Kavuluru R-CP, Han S,Hahn EJ-CP。关于u盘形状的电子烟Juul的流行。Tob Control 2018。PMCID: PMC6186192。
Bakal G, Talari P, Kakani EV,Kavuluru R-CP。利用生物医学知识图的语义模式来预测治疗和因果关系。中华生物医学杂志，2018,22(3):349 - 349。PMCID: PMC6070294。
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Chauhan A, Horn M, Magee G, Hodges K, Evers M- dt, Arnold S-DT,Anthony L-DT。免疫检查点抑制剂在神经内分泌肿瘤中的应用:一个单一机构的经验和文献回顾Oncotarget:8801-09, 2018。PMCID: PMC5823629
Chauhan A, Yu Q, Ray N, Farooqui Z, Huang B-CP, Durbin EB-CP, Tucker TC-CP, Evers M-DT, Arnold S-DT,Anthony LB-DT。肯塔基州神经内分泌肿瘤的全球负担和发病率的变化。Oncotarget:19245- 54,2018。PMCID: PMC5922392
Groves FD, Watkins BT, Roberts DJ, Tucker TC-CP, Shen T,Flood TJ。亚利桑那州、伊利诺伊州和肯塔基州儿童急性淋巴细胞白血病的出生体重和风险《南方医学杂志》，2018。
Kumar SS, Hall L, Li X, Downes L, Shearer A, Shelton BJ-CP, Gerring S,McGarry RC-DT。三种不同技术对肺部进行立体定向体放射治疗的效果比较。中华放射外科杂志5:209-16,2018。PMCID: PMC6018041。
Smalls BL, Aroh A, McQuerry K, Adegboyega A, Schoenberg N-CP,Hatcher J.阿巴拉契亚农村地区的社会支持与乳腺癌筛查。心理肿瘤学27:28 1-88,2018。
Tran T,Kavuluru R-CP。用于提取受基因突变影响的蛋白质-蛋白质相互作用的端到端深度学习架构。数据库(牛津大学)2018:2018。PMCID: PMC6146129
Valentin VL, Sanderson W, Westneat S,Durbin e cp。晚期黑色素瘤:一定要检查没有保险的未婚男性。《南方医学杂志》，2018。
2017
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- 吴玉春，王勇，林玉春，刘勇，王勇，贾建春，辛格P-INT，池一int，王春春，董c - int，李玮int，陶敏int, Napier D，史强，邓建春int, Evers BM-CS，周BP-GEM。Dub3抑制剂通过促进Snail1降解抑制乳腺癌侵袭转移。Nat Commun:14228, 2017。PMCID: PMC5316870。
- Le AT, Huang B-CP, Hnoosh D, Saeed H-DT, Dineen SP, Hosein PJ, Durbin EB-CP, Kudrimoti M-DT, McGrath PC, Tzeng CD.胰腺癌胰十二指肠切除术后并发症对肿瘤预后的影响。中华外科杂志，2017(4):344 - 344。
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- 文雅，邢X，哈里斯JW，扎伊采娃YY-GEM，米托夫MI，纳皮尔DL，韦斯HL-DT，马克埃弗斯B-CS，高T-CS。脂肪细胞激活线粒体脂肪酸氧化和自噬促进结肠癌肿瘤生长。Cell Death Dis 8:e2593, 2017。PMCID: PMC5386470。
- Arnold SM-DT, Chansky K-INT, Leggas M-DT, Thompson MA-INT, Villano JL-DT, Hamm J-INT, Sanborn RE-INT, Weiss GJ-INT, Chatta G-INT, Baggstrom MQ-INT。蛋白酶体抑制剂carfilzomib联合伊立替康治疗肺癌和其他伊立替康敏感恶性肿瘤的1b期试验(Onyx IST参考编号:CAR-IST-553)。研究新药E-pub 2017年2月。
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- Saeed H, Shrestha R, Nee J, Durbin E, Zia M, Ramlal R, Monohan G, Herzig R, Fleischman R, Hildebrandt G化疗和放疗提高早期经典霍奇金淋巴瘤的生存率，一项全州癌症登记分析。《血液学》102:83- 83,2017。
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- Gore EM-INT, Hu C-INT, Sun AY-INT, Grimm DF-INT, Ramalingam SS-INT, Dunlap NE-INT, Higgins KA-INT, Werner-Wasik M-INT, Allen AM-INT, Iyengar P-INT, Videtic GMM-INT, Hales RK-INT, McGarry RC-DT, Urbanic JJ-INT, Pu AT-INT, Johnstone CA-INT, Stieber VW-INT, Paulus R-INT, Bradley JD-INT。比较广泛性疾病小细胞肺癌(ED SCLC)单独预防性颅脑照射与预防性颅脑照射和巩固性颅外照射的随机II期研究:NRG肿瘤学RTOG 0937中华外科杂志，2017。PMCID: PMC5610652。
2016
- Ellingson SR-CS, Fardo DW。全基因组关联研究的自动化质量控制。F1000Res:1889, 2016。PMCID: PMC5007749。
- Evangelista W-INT, Weir RL-INT, Ellingson SR-CS, Harris JB-INT, Kapoor K-INT, Smith JC-INT, Baudry J-INT。基于集成的对接:从命中发现到代谢和毒性预测。生物医学杂志(Bioorg)， 2016, 24:4928-4935。PMCID: PMC5073379
- Kudrimoti M-DT, Curtis A-INT, Azawi S-INT, Worden F-INT, Katz S-INT, Adkins D-INT, Bonomi M-INT, Elder J-INT, Sonis ST-INT, Straube R-INT, Donini O-INT。Dusquetide:一种新型先天防御调节剂，在临床前数据和随机、安慰剂对照的2a期临床研究中显示，可以显著和一致地缩短口腔粘膜炎的持续时间。中国生物工程学报(自然科学版)，2016。
- 汉斯莱PJ, Zetter D, Horbinski CM-INT, Strup SE, Kyprianou N-CS。上皮-间质转化和核棺木素与晚期尿路上皮癌的关系。Hum Pathol 57:68-77, 2016。
- Li J, Song J, Zaytseva YY-GE, Liu Y, Rychahou P, Jiang K, Starr ME, Kim JT, Harris JW, Yiannikouris FB, Katz WS, Nilsson PM-INT, Orho-Melander M-INT, Chen J, Zhu H-GE, Fahrenholz T, Higashi RM-GE, Gao T- cs, Morris AJ-CS, Cassis LA, Fan TW-GE, Weiss HL-DT, Dobner PR-INT, Melander O-INT, Jia J- cs, Evers BM。神经紧张素在高脂饮食引起的肥胖中的强制性作用。《自然》533:411- 415,2016。
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